以前、「MZ3の空の色が変なので、リアルカラーイコライザで色調補正してみました。」というものを公開していましたが、使い始めて約1年半経ってやっとその原因が分かりました。（始めから原因究明していなかっただけだけど）

原因はなんと、ワイドレンジショットにあったのです。
この機能は、ハイライト寄り、アンダー寄りの2回露光した画像を合成して、その名の通りワイドレンジにするものなんですが、まさかこれが原因とは・・・。

以下は撮影サンプルです。
＜共通情報＞
JPEGで撮影
1600x1200→800×600にリサイズ
その他画像補正していません。
測光：多分割測光
WB：晴れ
ISO：オート
露出制御：プログラムオート
太陽の位置：左上あたりにあり、ほぼ逆光

BASICモード、シーンセレクト：オートで撮影
・Expertモード ・ワイドレンジショットあり ・色調補正：DEF	Expertモード ・ワイドレンジショットなし ・色調補正：DEF
Expertモード ・ワイドレンジショットあり ・色調補正：調整データ＊	Expertモード ・ワイドレンジショットなし ・色調補正：調整データ＊

写真の下2枚は色調補正を変えても同じということを確認するため掲載しました。
＊調整データは、ライターの文月氏が自身が主催するサイトで公開した、リアルカラーイコライザで色調補正したデータを使っています。

この事に気付いた後、MZ3の説明書の「ワイドレンジショット」の部分を見てみたら、以下の注意書きが載ってました。

スミア現象やフレア現象が出ている時や霧が出ている時にワイドレンジショット撮影をすると、撮影画像に「むら」が現れ、不自然な写真になる場合があります。

実際にスミアやフレアは出ていないと思いますが、条件的には当てはまるので、いままで悩んでた変な色は説明書の注意書きそのものの現象だと思います。
空を入れて撮影する時は明度差があるから、ワイドレンジショットにしてたからなぁ。